La résistance aux antibiotiques est la conséquence de l'évolution par sélection naturelle. L'action de l'antibiotique exerce une pression sélective dans l'environnement; les bactéries présentant une mutation leur permettant de survivre continuent de se reproduire. Elles transmettent à leur descendance leur gène de résistance et donnent une génération de bactéries pleinement résistantes.

Plusieurs études ont démontré que le mode d'utilisation des antibiotiques comme phytopharmaceutique sur des plantes, comme adjuvant alimentaire ou médicament chez les animaux d'élevages, y compris poissons, et comme médicament chez l'homme, influe fortement sur le nombre d'organismes résistants qui se développent. Une utilisation excessive des antibiotiques à spectre large, comme la deuxième et troisième génération de céphalosporine, entraîne une résistance à la méticilline, même si les organismes n'ont jamais été directement exposés à la pression sélective de la méticilline.

D'autres facteurs contribuent aux résistances comme les diagnostics incorrects, les prescriptions abusives, l'utilisation inappropriée d'antibiotiques par les patients, des éleveurs ou des cultivateurs, par exemple en complément alimentaire pour une croissance accélérée des animaux d'élevage.